Διοικητικά περιλαμβάνει τις Μητροπόλεις που ανήκαν στο ελληνικό κράτος ως τους Βαλκανικούς Πολέμους και αυτές των λεγομένων «Νέων Χωρών», οι οποίες προστέθηκαν μετά, οι τελευταίες όμως της παραχωρήθηκαν «επιτροπικώς» και υπάγονται πνευματικά στο Οικουμενικό Πατριαρχείο σύμφωνα με την Πράξη του 1928. Στην Εκκλησία της Ελλάδος δεν υπάγονται η Εκκλησία της Κρήτης, η οποία είναι ημιαυτόνομη, με δική της Σύνοδο και Αρχιεπίσκοπο, καθώς και οι Μητροπόλεις της Δωδεκανήσου, οι οποίες υπάγονται και διοικητικά απευθείας στο Οικουμενικό Πατριαρχείο.
Διέπεται από το συνοδικό σύστημα, δηλαδή οι αποφάσεις λαμβάνονται από όλους τους Μητροπολίτες σε σύνοδο κατά πλειοψηφία και προκαθημένη θεωρείται η Ιερά Σύνοδος με τιμητική απόδοση του τίτλου του προέδρου στον Αρχιεπίσκοπο. Ανώτατη Εκκλησιαστική Αρχή έχει την Ιερά Σύνοδο της Ιεραρχίας (Ι.Σ.Ι.), που συγκροτείται με Πρόεδρο τον Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και πάσης Ελλάδος και όλους τους εν ενεργεία Μητροπολίτες. Διαρκές διοικητικό όργανο, το οποίο αποφασίζει για τα τρέχοντα θέματα είναι η Διαρκής Ιερά Σύνοδος (Δ.Ι.Σ.).