Το βάπτισμα στην αρχαία Εκκλησία γινόταν κατά πρότυπο της βάπτισης του Ιησού Χριστού από τον Ιωάννη. Σύμφωνα με την εντολή του Κυρίου οι Απόστολοι βάπτιζαν με αυτό τον τρόπο τους εισελθόντες στην εκκλησία, τη στιγμή που για την τέλεση του βαπτίσματος απαραίτητη θεωρούνταν η συνειδητή αποδοχή του περιεχομένου της πίστης. Το Μυστήριο τελείτο στο όνομα του Ιησού Χριστού, ενώ κατά τη μεταποστολική εποχή, το βάπτισμα διενεργείτο στο όνομα της Αγίας Τριάδος,

Ο βαπτιζόμενος θα έπρεπε να νηστεύσει πριν το Μυστήριο, συνήθως μία ή δύο μέρες μαζί με τον ανάδοχό του. Πριν τη βάπτιση προηγούνταν κατήχηση η οποία περιελάμβανε την ιστορία της εν Χριστώ σωτηρίας και την τελετουργική προετοιμασία του πιστού. Το βάπτισμα γινόταν με τριπλή κατάδυση και ανάδυση. Μάλιστα η Διδαχή αναφέρει πως κατ’ οικονομία τελούνταν και δι’ επιχύσεως και ραντισμού βάπτισμα, αλλά μόνο σε περιπτώσεις σοβαρής ασθενείας.

Σε ότι αφορά τον τελούντα το μυστήριο κατά την μεταποστολική εποχή κύριος υπεύθυνος για το βάπτισμα ήταν ο Επίσκοπος, χωρίς φυσικά να αποκλείονται οι ιερείς και σε ειδικές περιπτώσεις και οι λαϊκοί.